Historia powstania przedsiębiorstwa sięga okresu międzywojennego, kiedy to przedsiębiorstwo działało pod nazwą Państwowy Zarząd Wodny w Krakowie.
Po zakończeniu wojny przedsiębiorstwo działało nadal pod nazwą Państwowy Zarząd Wodny w Krakowie podległy organizacyjnie Dyrekcji Okręgowej Dróg Wodnych w Krakowie.
W 1954 roku nastąpiły zmiany organizacji i nazwy przedsiębiorstwa. Rozporządzeniem Ministra Żeglugi z dnia 2.08.1954 r. przekształcono P.Z.W w Rejon Dróg Wodnych w Krakowie podległy Centralnemu Urzędowi Gospodarki Wodnej w Warszawie.
Kolejna reorganizacja dokonana w oparciu o Uchwałę Rady Ministrów z dnia 19.07.1963 roku przekształciła R.D.W w Okręgowy Zarząd Wodny w Krakowie. Pod tą nazwą przedsiębiorstwo funkcjonowało w latach 1964 - 1972 r.
Zarządzeniem Ministra Rolnictwa nr 77 z dn. 20.02.1973 utworzono z ważnością od 1.01.1973 r. Przedsiębiorstwo Budownictwa Wodnego w Krakowie.
Zarządzeniem Ministra Rolnictwa nr 189 z dnia 13.08.1976 r. przedsiębiorstwo po raz kolejny zmieniło nazwę na Przedsiębiorstwo Budownictwa Wodno-Inżynieryjnego w Krakowie.
W wyniku przekształceń własnościowych (prywatyzacja bezpośrednia) z dniem 1.09.2000 roku przedsiębiorstwo państwowe zostało przekształcone w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością pod nazwą Przedsiębiorstwo Budownictwa Wodno-Inżynieryjnego w Krakowie Sp. z o.o.